Cư M'gar là tên theo tiếng Êđê là cách gọi của bà con với ngọn núi lửa đã tắt từ lâu. Đây là ngọn núi nằm tại trung tâm huyện.

Dưới thời Việt Nam Cộng hòa, vùng đất Cư M'gar thuộc các quận Ban Mê Thuột và Buôn Hồ, tỉnh Darlac. Sau năm 1975, địa bàn huyện ngày nay là một phần huyện Krông Búk.

Ngày 23 tháng 1 năm 1984, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 15-HĐBT[1]. Theo đó, tách 6 xã: Cư M'gar, Cư Suê, Ea H'đing, Ea Pốk, Ea Tar, Quảng Phú thuộc huyện Ea Súp và 2 xã: Cuôr Đăng, Ea Tul thuộc huyện Krông Búk để thành lập huyện Cư M'gar.

Khi mới thành lập, huyện Cư M'gar có 8 xã: Cư M'gar, Cư Suê, Cuôr Đăng, Ea H'đing, Ea Pốk, Ea Tar, Ea Tul, Quảng Phú. Huyện lỵ đặt tại xã Quảng Phú.

Ngày 6 tháng 3 năm 1984, chuyển xã Ea Pốk thành thị trấn Ea Pốk.[2]

Ngày 22 tháng 2 năm 1986, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 20-HĐBT[3]. Theo đó:

• Thành lập xã Ea M'nang trên cơ sở tách một phần diện tích và dân số của thị trấn Ea Pốk
• Chia xã Cuôr Đăng thành hai xã lấy tên là xã Cuôr Đăng và xã Ea Drơng.

Trong giai đoạn 1988-1994, huyện thành lập thêm 4 xã: Cư Dliê M'nông, Ea Kiết, Ea Kpam và Ea M'Droh.

Ngày 9 tháng 1 năm 1998, chia xã Quảng Phú thành thị trấn Quảng Phú, thị trấn huyện lỵ huyện Cư M'gar và xã Quảng Tiến.[4]

Ngày 31 tháng 12 năm 2002, thành lập xã Quảng Hiệp trên cơ sở 5.470 ha diện tích tự nhiên và 10.092 người của xã Ea M'Dróh.[5]

Ngày 16 tháng 5 năm 2006, thành lập xã Ea Kuêh trên cơ sở 10.914 ha diện tích tự nhiên và 5.384 người của xã Ea Kiết.[6]

Huyện Cư M'gar có 2 thị trấn và 15 xã như hiện nay.